W 2000 wojska dowodzone przez Fonsekę stawiały mocny opór siłom tamilskim w bazie wojskowej Elephant Pass, jednak ostatecznie zostały pokonane i zmuszone do wycofania się.
25 kwietnia 2006 stał się celem ataku ze strony Tamilskich Tygrysów. Ataku bombowego dokonała ciężarna kobieta, zamachowiec-samobójca, która dostała się do bazy wojskowej udając od dłuższego czasu pacjentkę wojskowego szpitala, otwartego również dla cywili. W wyniku ataku Fonseka został ranny, a śmierć poniosło 9 osób. Samobójczyni zdetonowała ładunek w chwili przejazdu limuzyny Fonseki na wojskową ceremonię religijną. Generał został natychmiast przetransportowany do szpitala w bazie wojskowej, następnie do szpitala w Kolombo i skierowany na leczenie do Singapuru, po czym w lipcu 2006 powrócił do obowiązków.
18 maja 2009, po 26 latach wojny domowej, armia pod jego dowództwem ostatecznie rozbiła i odniosła zwycięstwo nad Tamilskimi Tygrysami.