Maersk Line thumb|Mærsk Mc-Kinney Møller w terminalu kontenerowym DCT w Gdańsku w 2013 Największą jednostką działającą w A.P. Møller-Mærsk pod względem przychodów i pracowników (ponad. 100 tys. pracowników) jest Maersk Line. Flota statków kontenerowych do 2022 roku była największa na świecie. Na 2025 rok, flota Maersk składa się z ponad 700 statków i stanowi ponad 14% transportu światowego kontenerów, z flotą o łącznej pojemności 4,56 mln TEU, ustępując tylko MSC.
W 2006 roku został dostarczony do Maersk Line z Odense Steel Shipyard, największy wtedy kontenerowiec na świecie Emma Maersk. Jest on jednym z najbardziej przyjaznych dla środowiska kontenerowców i posiada cechy, które przyczyniają się do ograniczenia emisji poprzez obniżenie zużycia paliwa, takie jak zaawansowany system efektywności energetycznej, system odzysku ciepła odpadowego oraz sterowany elektronicznie silnik. W 2013 roku zwodowano kolejny największy i najdłuższy kontenerowiec na świecie, MS Mærsk Mc-Kinney Møller z serii Triple-E-Klasse.