Trzeci album studyjny grupy, Wincing the Night Away, wydany został 23 stycznia 2007. Wydawnictwo zadebiutowało na 2. miejscu listy Billboard 200Wincing the Night Away w serwisie AllMusic. sprzedając się w nakładzie 118 000 egzemplarzy w ciągu pierwszego tygodnia, co jest najlepszym wynikiem w historii istnienia wytwórni Sub Pop. Album wyciekł do Internetu 20 października 2006 i był dostępny w serwisie iTunes przed premierą. Album był nominowany do Nagrody Grammy w kategorii Najlepszy Muzyczny Album Alternatywny.
24 stycznia 2008 podczas pogrzebu aktora Heath Ledgera zagrano utwór „The Past and Pending”.
Zerwanie kontraktu z Sub Pop, Aural Apothecary, przyszłość (od 2008) 20 czerwca 2008 grupa poinformowała o zerwaniu kontraktu z wytwórnia Sub Pop i podpisaniu kontraktu z prywatną wytwórnią Mercera, Aural ApothecaryThe Shins Releasing Next Album On Frontman’s Label..