W 2003 wydany został Chutes Too Narrow, który spotkał się z bardzo życzliwym przyjęciem w kręgach muzyki indie, zebrał pozytywne oceny od krytyków, którzy uznali, że nagranie rozwinęło muzyczne horyzonty członków formacji i pokazało efekty wzorcowo przeprowadzonego procesu produkcji. Oh, Inverted World został sklasyfikowany na 71. miejscu Listy 100 Najlepszych Albumów z lat 2000–2004 autorstwa Pitchfork Media, zaś Chutes Too Narrow uplasował się na miejscu 47. W 2006 grupa wspomogła finansowo festiwal All Tomorrow’s Parties, przez co mógł on po latach wznowić swoją działalność.

Wydany w 2004 promocyjny singel zawierał koncertową wersję utworu „New Slang” (nagraną razem z zespołem Iron & Wine), remix piosenki „Fighting in a Sack” i cover utworu Marca Bolana „Baby Boomerang”. The Shins nagrali również cover utworu „We Will Become Silhouettes” autorstwa The Postal Service, który został wydany na singlu „Such Great Heights” z 2003.

Pod koniec 2006, w wywiadzie dla Pitchfork Mercer ogłosił, że nowym członkiem zespołu został Eric Johnson, były członek grupy Fruit Bats.