Budowlę przebudowano w stylu gotyckim w XIII wieku.
Opactwo było w średniowieczu jednym z najważniejszych ośrodków religijnych i kulturalnych w Europie zachodniej. Rozkwitała tam m.in. szkoła malarstwa miniaturowego i kaligrafii (rozkwit sztuki miniatur nastąpił tam w VIII, a następnie w XI wieku), a ze skryptorium klasztornego pochodzą znane do dzisiaj manuskrypty, m.in. Złoty Kodeks z Echternach z ok. 1030 roku czy Księga Perykop. Dzięki relikwiom św. Wilibrorda, spoczywającego w kościele klasztornym, było też popularnym centrum pielgrzymkowym.
W XVIII wieku opactwo zostało przebudowane w stylu barokowym. W 1794 roku po włączeniu Echternach w granice rewolucyjnej Francji opactwo zostało zsekularyzowane. W 1795 roku jego budynki zostały sprzedane na aukcji i zamienione na fabrykę ceramiki. Mnisi uciekli do Erfurtu, zabierając ze sobą najcenniejsze manuskrypty (w tym Złoty Kodeks z Echternach, który tam sprzedali księciu Saksonii-Gotha-Altenburg Ernestowi II). Kościół popadał w ruinę. W 1861 roku kościół opactwa został odkupiony przez mieszczan, których staraniem do 1868 został odrestaurowany i ponownie zaczął pełnić funkcje sakralne (stał się siedzibą parafii), a w 1939 roku został podniesiony do rangi bazyliki mniejszej.