Historia Ser znany jest co najmniej od lat trzydziestych XVIII wieku. Jego legendarnym odkrywcą był Cooper Thornhill, który odkrył ser podczas odwiedzin w jednym z pubów we wsi Hungarton. Natychmiast kupił prawa do wytwarzania tego sera i serwował go w swojej gospodzie. Jako że wieś Stilton leżała na trasie dyliżansów dalekobieżnych, ser został doceniony w całej Anglii. Pierwszą recepturę sera opublikowana została w r. 1723 przez Richarda Bradleya. W r. 1939 Stowarzyszenie Serowarskie uformowało lobby chroniące pochodzenie i jakość sera. W roku 1996 stilton uzyskał nadany przez komisję europejską status Protected Designation of origin – ochrony miejsca pochodzenia. .
Produkcja thumb|Biały Stilton z borówkami Prawo do dostarczania mleka do wyrobu sera ma tylko sześć licencjonowanych mleczarni na świecie. Z 78 litrów mleka uzyskuje się 8 kilogramów sera stilton. Rocznie wytwarza się milion gomółek sera, 10% produkcji przeznaczonej jest na eksport do 40 krajów świata. Ser składa się w 38% z wody, 35% z tłuszczu, 23,7% z białka.
Jest serem słonym. Charakterystyczne dla niego niebieskie żyły pleśni uzyskuje się przekłuwając powłokę nierdzewnymi igłami, aby wprowadzić powietrze. Proces produkcji i dojrzewania trwa ok.