W diagnostyce różnicowej uwzględnia się m.in. wady anatomiczne prącia (np. stulejkę lub krótkie wędzidełko), stany zapalne prącia i cewki moczowej, chorobę Peyroniego oraz zapalenie prostaty (gruczołu krokowego) lub pęcherzyków nasiennych; część z tych stanów może powodować ból związany ze stosunkiem lub z wytryskiem. Po wykluczeniu uchwytnych przyczyn organicznych wskazuje się na znaczenie oceny seksuologicznej lub psychiatrycznej, ponieważ dolegliwości mogą wiązać się z czynnikami psychicznymi; w takich przypadkach rozważa się m.in. psychoterapię oraz (w razie wskazań) leczenie farmakologiczne. W badaniu obejmującym mężczyzn z bólem narządów płciowych bez stwierdzalnych zmian organicznych opisywano współistnienie zaburzeń psychicznych (m.in. depresji i zaburzeń somatyzacyjnych) oraz obecność czynników stresowych i ograniczonego wsparcia społecznego. W wytycznych dotyczących przewlekłego bólu miednicy zwraca się uwagę, że niektóre zespoły bólowe mogą występować bez udowodnionej infekcji lub innej lokalnej patologii i wiązać się z konsekwencjami poznawczymi, behawioralnymi, seksualnymi lub emocjonalnymi, co sprzyja uwzględnianiu czynników psychologicznych w postępowaniu.