Kładł bardzo wielki nacisk na praktykę medytacji – zhiguan dazuo (jap. shikan taza). Uważał, że jedynie skoncentrowane, intensywne siedzenie w medytacji, było konieczne dla oświecenia, a wszystkie inne czynności (jak np. palenie kadzidełek, oddawanie czci, recytowanie sutr itd.) – były zupełnie niepotrzebne.
Sam był przykładem dla innych mnichów. Mistrz siedział w medytacji do godziny po 23 w nocy. Wstawał przed 3 w nocy i medytował dalej. Nigdy nie opuścił nawet jednego dniaTakashi James Kodera. Dogen’s Formative Years in China. s. 105.
Ważnym elementem jego nauki było „wyrzucenie kurzu z umysłu” (chiń. shenxin tuoluo), co cofało go o kilkaset lat i stawiało właściwie w jednym rzędzie z Yuquanem Shenxiu. Jednak Dōgen nie naśladował tu swojego nauczyciela, gdyż istotą jego nauczania stało się „odrzucenie ciała i umysłu”, co jest jakościowo czymś zupełnie innym. Rujing pragnął przywrócić pierwotny stan umysłu przez oczyszczenie go z zanieczyszczeń.