Do 1821 przygotowano północne skrzydło podzielone na indywidualne cele (o powierzchni 3x7 stóp), gdzie więźniowie nie mieli żadnych możliwości kontaktu ze sobą. Nie wymagano także od nich pracy, a jedynym dostępnym zajęciem była Biblia. Do skrzydła wprowadzono 80 więźniów. Po roku 5 z nich zmarło, a ponad 40 popadło w obłęd. W znacznie lepszym stanie byli więźniowie, którzy nie byli tak ściśle izolowani, chociaż również tutaj, w obawie przed "zarażaniem się" skłonnościami przestępczymi ściśle kontrolowano kontakty i zakazano całkowicie rozmów. Stąd, zaprowadzony w Auburn system nazwano systemem milczenia. System ten stał się wkrótce głównym konkurentem systemu celkowego i zaprowadzono go w wielu innych zakładach karnych.
Lynd,czerpiąc ze swoich doświadczeń wojskowych, wprowadził w Auburn surowy reżim więzienny. Podobnie jak w systemie pensylwańskim, więźniowie mieli rozmyślać nad własną winą, dokonywać przemiany wewnętrznej i powrócić ku Bogu. Naruszenia dyscypliny więzienia były karane chłostą, a wszyscy strażnicy wyposażeni byli w skórzane bicze. Strażnicy musieli być bardzo czujni, by wychwycić wszelkie próby komunikacji. W nocy poruszali się bez butów, nasłuchując pod celami więźniów.