Chociaż wody powierzchniowe Botswany są ubogie, kraj ten dysponuje dużymi zasobami wód podziemnych, dzięki czemu z ponad 10 tys. odwiertów i studni pozyskiwana jest wystarczająca ilość wody pitnej.
Gleby Gleby w kraju są ubogie ze względu na suchość klimatu. Przydatność rolnicza jest więc ograniczona. Większość obszaru kraju pokryta jest piaszczystymi glebami szkieletowymi oraz czerwonymi buroziemami (arenosole). Jedynie w delcie Okawango występują żyźniejsze gleby aluwialne (fluwisole). Bezodpływowe obniżenia są zdominowane przez gleby słone.
Flora Szata roślinna tak samo jak gleby jest uboga. Kotlina Kalahari w Botswanie jest pokryta suchą sawanną trawiastą z kolczastymi krzewami. Roślinność jest skąpa nie tylko z powodu niskich opadów, ale także z powodu przepuszczalności warstw powierzchniowych podłoża. Na nielicznych obszarach, zwłaszcza na północy kraju, gdzie płycej zalegają wody gruntowe, występuje sawanna parkowa. Jest ona bardziej wilgotna i porastają ją akacje i baobaby. Na północnych krańcach i wschodnich występują tzw. lasy mopane, czyli ekosystem leśny rzadko porośnięty drzewami. W dolinach rzecznych rosną lasy galeriowe.