W nocy zdarzają się przymrozki.
Opady są skąpe ze względu na kontynentalizm klimatu i szerokość geograficzną – najwyższe wartości notowane na północy kraju to od 500 do 800 mm rocznie, a na południu kraju, zwłaszcza w południowo-zachodnich rejonach, sięgają zaledwie 200 mm rocznie. Opady występują głównie w okresie zenitalnym, czyli latem (styczeń).
Cechą charakterystyczną Botswany jest zmienność opadów z roku na rok. Oznacza to, że przez kilka lat mogą występować susze, a opady nie przekraczają wtedy nawet 100 mm. Ostatnia długotrwała susza w Botswanie wystąpiła w połowie lat 80. XX w.
Wody Suchy klimat Botswany, a także przepuszczalne gleby sprawiają, że sieć rzeczna jest uboga. Większość obszaru kraju to tereny bezodpływowe. Tylko obszary leżące w pobliżu północnej i wschodniej granicy należą do zlewiska Oceanu Indyjskiego – wody odprowadzane są stamtąd krótkimi dopływami rzek Chobe (dopływ Zambezi) i Limpopo. Na terytorium Botswany kończy swój bieg rzeka Okawango o długości 1600 km. Tworzy ona w północnej części kraju rozległą deltę wewnętrzną – bagna Okawango. Z powodu nieregularnych opadów deszczu obszar ten ulega okresowym zmianom.