Patriarcha początkowo pozostawał w dobrych stosunkach z umiarkowanym prezydentem Egiptu Anwarem Sadatem. Gdy w latach 70. XX wieku przez Egipt przetoczyła się fala ataków muzułmańskich na koptów, w 1976 koptowie założyli organizację protestującą przeciw atakom i bezczynności służb państwa. Patriarcha był jej aktywnym członkiem. Władze Egiptu pod wpływem fanatyków muzułmańskich poczytały tę organizację za spisek, mający na celu ustanowienie odrębnego koptyjskiego państwa. Prezydent Sadat represjonował cały kościół koptyjski – między innymi uwięziono ośmiu biskupów, 24 księży i wielu znaczniejszych świeckich koptów oraz zakazano wydawania El-Kerazy i koptyjskiego dziennika Watani. Gdy wiadomości o prześladowaniach koptów w Egipcie przedostały się do amerykańskiej prasy, 5 października 1981 Sadat nakazał uwięzienie patriarchy w klasztorze świętego Biszoi na Pustyni Zachodniej. Miesiąc po uwięzieniu patriarchy Anwar Sadat zginął w zamachu. Trzy i pół roku później kolejny prezydent Egiptu Husni Mubarak uwolnił patriarchę, który triumfalnie wrócił do katedry świętego Marka w Kairze.