Biskup koptyjski W 1962 został wezwany z odosobnienia przez ówczesnego patriarchę koptyjskiego Cyryla VI, który 30 września tego roku wyświęcił go na biskupa. Przy konsekracji brat Antoni Syryjczyk przybrał imię Szenudy. Patriarcha powierzył mu opiekę nad koptyjskim szkolnictwem wyznaniowym i mianował go rektorem koptyjskiego seminarium duchownego. Jako rektor seminarium biskup Szenuda zakładał jego wydziały zamiejscowe w Ameryce, w Australii i w Wielkiej Brytanii. Pod jego zarządem liczba studentów seminarium wzrosła kilkakrotnie. W 1965 biskup Szenuda wydał pierwszy numer oficjalnego periodyku Kościoła koptyjskiego El-Keraza.
Papież Aleksandrii 31 października 1971 biskup Szenuda został wybrany, a 14 listopada tego roku – intronizowany na 117. patriarchę Kościoła koptyjskiego. Za czasów jego pontyfikatu nastąpiło odrodzenie tego kościoła i jego gwałtowny rozwój poza granicami Egiptu. W 1996 patriarcha utworzył pierwsze dwie diecezje koptyjskie w USA, a w 1999 – pierwszą diecezję w Australii i Nowej Zelandii. Wyświęcił ponad 600 księży oraz ponad 80 metropolitów i biskupów.