W 1995 powstał kolejny film, Kasyno (Casino), w którym ponownie nawiązał do tematyki świata przestępczego, osadzonego w realiach Las Vegas lat siedemdziesiątych. Scorsese był producentem filmów Spike’a Lee Ślepy zaułek (Clockers) oraz Allison Anders W rytmie serca (Grace of My Heart), a także współproducentem Kicked in the Head Matthew Harrisona.
W 1997 został uhonorowany przez Amerykański Instytut Filmowy za całokształt twórczości. Rok później powstał Kundun – życie Dalaj Lamy (Kundun), historia wczesnego życia Dalajlamy. W maju 1998 otrzymał nagrodę od Lincoln Center’s Film Society i przewodniczył obradom jury konkursu głównego na 51. MFF w Cannes.
W 2002 wszedł na ekrany film Gangi Nowego Jorku (Gangs of New York), zdobywając wiele wyróżnień, w tym Złoty Glob w kategorii Najlepszy reżyser. Scorsese był przewodniczącym jury sekcji „Cinéfondation” na 55. MFF w Cannes (2002).
W 2005, jako część serii American Masters, kanał PBS wyświetlił film dokumentalny Bez stałego adresu: Bob Dylan (No Direction Home: Bob Dylan), który ukazał się później również w formacie DVD. Ten dokument przyniósł mu nagrodę Grammy w kategorii „Najlepszy filmowy klip muzyczny”.