W 1985 zrealizował Po godzinach (After Hours) z Griffinem Dunnem i Rosanną Arquette w rolach głównych. Scorsese otrzymał za niego nagrodę dla najlepszego reżysera na 39. MFF w Cannes. W 1986 nakręcił Kolor pieniędzy (The Color of Money) z Paulem Newmanem, który otrzymuje za swą kreację Oskara dla najlepszego aktora. W 1986, kiedy otrzymał fundusze, Scorsese zrealizował w końcu wymarzony projekt – Ostatnie kuszenie Chrystusa (The Last Temptation of Christ) – na podstawie dzieła Nikosa Kazandzakisa. Film wywołał zamieszanie i stał się powodem religijnych demonstracji na całym świecie. Film przyniósł mu drugą nominację do Oscara dla najlepszego reżysera.
W 1990 Scorsese wraz z siedmioma innymi realizatorami filmowymi założył Film Foundation. W 1990 powstali Chłopcy z ferajny (Goodfellas), opowieść o mafii i jej wewnętrznych zależnościach. Film uzyskał sześć nominacji do Oskara. W 1991 American Cinematique uhonorował reżysera za spektakularną karierę. W następnym roku zapoczątkował kampanię filmową Martin Scorsese Presents poświęconą propagowaniu klasyki filmowej.