Nie odkryto przez to na czas problemów wynikających z ich liczby – wibracji, niszczących turbiny i zrywających przewody paliwowe, a także skomplikowanej struktury płomieni wylotowych, powodujących między innymi niekontrolowane obroty pojazdu. Dla porównania, Saturn V posiadał jedynie pięć silników F-1.
Na skutek trudności technicznych, N1 nigdy nie wykonała udanego lotu. Wszystkie cztery bezzałogowe starty (z planowanych 12) zakończyły się katastrofami przed odłączeniem pierwszego członu rakiety. Najdłuższy lot trwał 107 sekund. Dwa starty miały miejsce w roku 1969, jeden w 1971, a ostatni w 1972. Program został przerwany w 1974 roku, przed ostatnim lotem testowym, który – zdaniem inżynierów – miał szanse powodzenia.
Następcą programu była planowana rakieta „Wulkan” – zwiększona wersja rakiety Proton napędzana paliwem hipergolicznym, a od roku 1976 program Energia / Buran.