W 1960 r. funkcję redaktora naczelnego ponownie pełniła Hanna Malewska, a w tym czasie z miesięcznikiem związali się m.in. Halina Bortnowska i Władysław Stróżewski. Środowisko „Znaku” było szczególnie zaangażowane w debaty dotyczące Vaticanum II, m.in. tłumaczono i opatrywano obszernym komentarzem soborowe dokumenty. Jednocześnie powstawały liczne teksty z zakresu szerokiej kultury: w „Znaku” po raz pierwszy ogłoszono nieznane listy Norwida, zajęto się analizą współczesnej francuskiej powieści eksperymentalnej. W 1966 r. na łamach czasopisma debiutował ks. Józef Tischner. Publikowano także, często pierwsze w Polsce, tłumaczenia zachodnich intelektualistów, m.in. Martina Heideggera (Co to jest metafizyka?, 1965), Paula Ricœura, Mircei Eliadego, Martina Bubera, Josepha Ratzingera, Hansa Künga, Yvesa Congara OP.
Przez cztery lata (1973-1977) rolę redaktora naczelnego pełnił Bohdan Cywiński, który po wzięciu udziału w głodówce w kościele św. Marcina w Warszawie zrezygnował z funkcji ze względu na obawy, że represje władzy mogą dotknąć całe wydawnictwo. Jego następcą został Stefan Wilkanowicz, prezes krakowskiego KIK-u. W 1978 r. ukazał się numer poświęcony w całości wybranemu właśnie na papieża Janowi Pawłowi II, przypominający teksty publikowane przez Karola Wojtyłę w miesięczniku.