Pod kierunkiem kolejnych: Hanny Malewskiej i Stanisława Stommy, zarysowała się linia programowa miesięcznika, żartobliwie określana jako: „tomizm, atomizm i stommizm”, a więc: propagowanie filozofii tomistycznej w Polsce, reagowanie na wydarzenia nowej epoki (takie, jak atak na Hiroszimę), a także prowadzenie katolickiej polityki kulturalnej w PRL.
W tym czasie w miesięczniku publikowali m.in.: Jerzy Turowicz (W stronę uspołecznienia), ks. Konstanty Michalski (Dokąd idziemy), Stefan Świeżawski (Dlaczego tomizm?), o. Innocenty Bocheński (ABC tomizmu). Zamieszczano także teksty zachodnich myślicieli, w tym J. Maritaina, E. Gilsona, T. Mertona.
W 1953 r., po odmowie przez redakcję „Tygodnika Powszechnego” opublikowania nekrologu Józefa Stalina, zamknięto zarówno „Tygodnik”, jak i miesięcznik „Znak”. Przerwa w wydawaniu pisma obejmowała lata 1953–1956. Po wznowieniu działalności nowym redaktorem naczelnym został Jacek Woźniakowski, który pełnił tę funkcję do 1960 r. W 1959 roku powstał Społeczny Instytut Wydawniczy ZNAK, który przejął wydawanie „Znaku” i „Tygodnika”.