Po II wojnie światowej świątynia z resztkami klasztoru została przekazana Dyrekcji Lasów Państwowych. W następnych latach popadała coraz bardziej w ruinę, a jej wyposażenie trafiło do innych kościołów, m.in. do Skórzewa k. Poznania i do Buku.
30 stycznia 1976 r. władze państwowe dzięki staraniom m.in. ks. kanonika Hieronima Lewandowskiego przekazały obiekt archidiecezji poznańskiej i 20 czerwca 1976 metropolita poznański Antoni Baraniak dokonał powtórnego poświęcenia kościoła. 11 czerwca 1978 r., Kuria Metropolitalna w Poznaniu przekazała kościół i resztki klasztoru franciszkanom z prowincji Wniebowzięcia. W następnych latach przeprowadzono ich odbudowę i renowację, odzyskano też większą część zabytkowego wyposażenia. Do najcenniejszych przedmiotów znajdujących się w świątyni należą krucyfiks z 1540 r. i polichromowana tarcza z herbem Łodzia z 1677 roku.
W 1993 r. kościół i klasztor w Woźnikach otrzymał I nagrodę w konkursie Ministerstwa Kultury i Sztuki dla najlepszego użytkownika obiektu zabytkowegoStefan Nyka, Konkurs dla najlepszego użytkownika obiektu zabytkowego, w: Kronika Wielkopolski, nr 1/1994, s. 172, ISSN 0137-3102.
W 2023 r. udało się przeprowadzić remont dachu kościoła klasztornegoRemont dachu.