W 1836 r. klasztor został skasowany przez władze pruskie. Ostatni zakonnik, który pozostał do śmierci w Woźnikach, Jan Chryzostom Chrzeliński, zmarł w 1841 r. i został pochowany w podziemiach kościoła. Rok później administracja pruska sprzedała kościół i klasztor właścicielce Woźnik – Konstancji Mielżyńskiej. Klasztor został rozebrany, a podziemia kościoła służyły Mielżyńskim jako grobowiec rodzinny. Materiał rozbiórkowy posłużył do budowy drogi z Woźnik do Kotowa oraz budynków gospodarczych w miejscowym folwarku. Od 1909 do 1945 r. obiekt należał do rodziny Kurnatowskich. W 1926 r. ze względu na zły stan techniczny kościoła konsystorz biskupi uznał go za ruinę i zakazał odprawiania w nim liturgii. W 1933 r. świątynią zainteresował się konserwator zabytków i wpisał go do rejestru zabytków. W październiku 1936 r. właściciel obiektu, Andrzej Kurnatowski, zaproponował Prowincji oo. Franciszkanów sprzedaż zespołu poreformackiego. Franciszkanie jednak ze względu na jego odludne położenie i zbyt wysoką cenę nie zdecydowali się na zakupAlojzy Pańczak, Franciszek Chodkowski „Kościół i klasztor franciszkanów w Woźnikach” (informator turystyczny), Woźniki, 2015, str. 5–6.