Jego dorobek obejmujący ok. 300 utworów muzycznych tworzą przede wszystkim: kantata De profundis na chór i orkiestrę (1899) poematy symfoniczne W lesie (1901) i Morze (1903–1907) uwertura symfoniczna Kejstutis (1902) około 200 utworów fortepianowych (głównie preludiów) utwory organowe utwory kameralne opracowania pieśni ludowych szkice do opery Jürate oraz poematu symfonicznego Stworzenie świata.
Autorem pierwszej monografii twórczości Čiurlionisa (wyd. w Leningradzie, 1975) i wybitnym znawcą jego dorobku był późniejszy prezydent Litwy Vytautas Landsbergis.
Malarstwo Čiurlionis najbardziej znany na świecie jest jako malarz. Był przedstawicielem symbolizmu, a zarazem jednym z prekursorów abstrakcjonizmu. Jako grafik tworzył fluoroforty, plakaty, ilustracje do książek. Od około 1905 tworzył na wpół abstrakcyjne obrazy malowane techniką tempery o muzycznych tytułach (np. dyptyk Preludium i Fuga z ok. 1907–1908).