Jednak przez brak wystarczającego poparcia ze strony OPA, która starała się nie zaogniać konfliktu (będąca pod presją Kuba mogłaby jeszcze bardziej zbliżyć się do ZSRR), oraz pogarszanie się stosunków z Kubą, Stany Zjednoczone postanowiły podjąć bardziej radykalne działania.

16 marca 1960, Eisenhower upoważnił Centralną Agencję Wywiadowczą do przygotowania planu rozwiązania problemu kubańskiego przy pomocy tajnej operacji. Przedstawiony wkrótce przez CIA plan obejmował wyposażenie, szkolenie i desant kubańskich uchodźców na Kubę. Wcześniej, w 1950 Agencja pomogła filipińskiemu politykowi, Ramonowi Magsaysayowi pokonać komunistycznych partyzantów, a w 1953 obaliła rząd Mohammada Mossadeka w Iranie (operacja AJAX). Rok później odsunęła od władzy prezydenta Gwatemali, Jacobo Arbenza (operacja PBSUCCESS), który znacjonalizował plantacje bananowe należące do United Fruit Company.

Plan (o kryptonimie operacja „Pluto”), opracowany na podstawie wcześniejszej operacji gwatemalskiej, nadzorował zastępca dyrektora CIA do spraw planowania, Richard Mervin Bissell Jr. Dyrektor CIA, Allen Dulles, nadał akcji absolutny priorytet.