Wyposażenie Wnętrze kościoła i jego wyposażenie ulegało na przestrzeni wieków ciągłym przemianom. Nawrocki twierdzi, że po wybudowaniu świątyni musiał znaleźć się w niej ołtarz poświęcony jej patronowi, św. Janowi Chrzcicielowi. Ponadto w kościele znajdowały się ołtarze Najświętszej Maryi Panny Śnieżnej oraz śś. Piotra i Pawła – świadczą o tym dokumenty z przełomu XIV i XV w., ustanawiające przy nich altarie. Po najeździe węgierskim w 1474 r. z fundacji mieszczańskich powstały ołtarze bractw rzemieślniczych śś. Piotra i Pawła, Bożego Ciała i Wszystkich Świętych, które nie zachowały się do czasów współczesnych. Na ok. 1500 r. datuje się ustawioną w prezbiterium figurę Matki Boskiej z Dzieciątkiem, nie ma jednak pewności, od kiedy związana jest z pilźnieńską świątynią.
Informacje o zamożności kościoła w pierwszej połowie XVI w. daje wykaz Conspectio et Conscriptio rerum ecclesiasticarum in thezauro pyllznen[sis] z 1526 r. Wymienia on: dziesięć kielichów mszalnych (siedem pozłacanych, trzy srebrne), trzy monstrancje (dwie srebrne, jedna miedziana, pozłacana), duży pozłacany krzyż oraz szaty liturgiczne. W dokumencie nie wspomniano o ołtarzach, rzeźbach czy obrazach. Na przełom XVI i XVII w. datowane są renesansowy ornat oraz kapa z Pilzna, przechowywane w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie.