mały|lewo|Herb karmelitów nad drzwiami klasztoru Na początku XVIII w. kościół i budynek klasztoru znajdowały się w złym stanie technicznym, wizytacje prowincjała nakazywały dokonanie odpowiednich napraw – był to jednak duży problem finansowy dla zakonników. W XVIII w. nastąpił upadek duchowy klasztoru, odzwierciedlający kryzys religijności w czasach saskich i stanisławowskich. Negatywny wpływ na stosunki kościelne miały rozbiory Polski – w latach 1783–1787 zlikwidowano wszystkie klasztory augustianów w Galicji oprócz Pilzna. Klasztor skazany był na wymarcie, gdyż władze zakazały przyjmowania nowych zakonników. W 1811 r., gdy pożar strawił kościół i przylegający do niego od południa budynek klasztoru, został on prowizorycznie zabezpieczony. W 1832 r. zmarł ostatni augustianin, ks. Jerzy Frączkiewicz, a klasztor uległ kasacji.