Rok później zwyciężył w sprincie na mistrzostwach Europy w Bansku, zdobywając tym samym dwunasty medal tej imprezy (szósty złoty).
10 stycznia 2009 po biegu sprinterskim w Oberhofie, w którym zajął 3. miejsce, został pierwszym Polakiem w historii prowadzącym w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata w biathlonie. Sezon 2008/2009 zakończył na 2. pozycji, będąc pierwszym polskim biathlonistą w historii, który zajął miejsce na podium w klasyfikacji generalnej PŚ. Uległ jedynie Bjørndalenowi, a wyprzedził jego rodaka - Emila Hegle Svendsena. W tym samym sezonie był też drugi w klasyfikacji sprintu i trzeci w klasyfikacji biegu pościgowego.
Sezon 2010/2011 rozpoczął od wystawienia na aukcję charytatywną srebrnego medalu olimpijskiego zdobytego w Turynie, chcąc tym samym pomóc młodemu polskiemu biathloniście, Tomaszowi Dudkowi, który postrzelił się podczas treningu. Medal został zakupiony przez firmę Viessmann – sponsora strategicznego Polskiego Związku Biathlonu za kwotę 55500 złotych. Podczas uroczystości 40-lecia katowickiego AWF Tomasz Sikora przekazał matce Tomasza Dudka czek na jego rehabilitację. 12 lutego Sikora jedyny raz w sezonie stanął na podium Pucharu Świata, zajmując drugie miejsce w biegu masowym w Fort Kent. Polak na strzelnicy się nie pomylił.