W miarę upływu czasu sympatie Bułgarów coraz wyraźniej przenosiły się na stronę państw sprzymierzonych. Widząc klęski III Rzeszy na froncie wschodnim, w 1943 car i rząd – za pośrednictwem bułgarskiego kupca ze Stambułu Kisełowa – nawiązali kontakt z aliantami i zaczęli rozważać zmianę sojuszów. W sierpniu tego samego roku Hitler, dowiedziawszy się o tym, wezwał Borysa na naradę do Wilczego Szańca, na której zażądał od niego skierowania dwóch bułgarskich dywizji do dyspozycji Wehrmachtu. Car odmówił. Zmarł kilkanaście dni po powrocie do Sofii. Przed śmiercią opisał spotkanie z Hitlerem jako „straszne”.. Jako przyczynę zgonu podano zator i odmę płucną, nie da się jednak wykluczyć otrucia. Pogłoskom o nienaturalnej śmierci sprzyjał fakt, iż car był stosunkowo młody (49 lat) i prowadził zdrowy tryb życia (regularnie uprawiał wspinaczkę górską). thumb|200px|Nagrobek cara Borysa III w Monasterze Rilskim Po jego śmierci carem ogłoszono jego 6-letniego syna Symeona, przy którym utworzono Radę Regencyjną złożoną z premiera Bogdana Fiłowa, młodszego brata zmarłego cara księcia Cyryla oraz gen. Nikoły Michowa.
Rodzina W 1930 ożenił się z księżniczką sabaudzką – Joanną (córką króla Wiktora Emanuela III). Mieli dwójkę dzieci: Marię Luizę Bułgarską (ur. 1933) i Symeona, następcę tronu (ur.