W 1938 car osobiście interweniował w celu usunięcia z bułgarskiego parlamentu zwolenników zacieśnienia stosunków z Wielką Brytanią.
II wojna światowa thumb|200px|Borys III z Adolfem Hitlerem, 1943 rok Po wybuchu II wojny światowej Borys III pragnął zachować neutralność swojego kraju (o neutralność Bułgarii zabiegała także Wielka Brytania). Jednakże sytuacja stawała się coraz trudniejsza wobec zajmowania przez państwa Osi kolejnych terytoriów na południowym wschodzie Europy. Po utworzeniu Paktu Berlińskiego 27 października 1940 Hitler zażądał od Borysa III przystąpienia do niego Bułgarii. Car odwlekał decyzję, by – pod niemieckim naciskiem – ostatecznie wyrazić zgodę na przystąpienie do paktu w marcu 1941. Natychmiast po tym żołnierze niemieccy wkroczyli na terytorium Bułgarii, by wziąć udział w ataku na Grecję i Jugosławię, w czym brała udział również sama Bułgaria. Również pod naciskiem niemieckim Bułgaria stała się jedną z baz wypadowych III Rzeszy przy agresji na Związek Radziecki (chociaż wypowiedziała mu wojnę dopiero po śmierci Borysa III, w 1944), przystąpiła do Paktu Antykominternowskiego (25 listopada 1941) wypowiedziała wojnę Wielkiej Brytanii i USA (13 grudnia 1941). Równocześnie rząd zwalczał tworzoną przez komunistów antyfaszystowską partyzantkę.