Od pierwszych dni powstania Niemcy dopuszczali się poważnych naruszeń prawa wojennego w stosunku do pacjentów i personelu polskich szpitali. 1 sierpnia żołnierze niemieccy ostrzelali i obrzucili granatami patrol sanitarny ss. Urszulanek z klasztoru przy ul. Gęstej („Szary Dom”), spieszący z pomocą cywilowi ranionemu przy ul. Browarnej. Cztery zakonnice poniosły wówczas śmierć, a kierująca patrolem s. Jana Płaska została ciężko ranna. Tego samego dnia przy ul. Gęstej zginął ks. Tadeusz Burzyński, którego Niemcy zastrzelili gdy udzielał ostatniego namaszczenia postrzelonemu na ulicy człowiekowi. 4 sierpnia Niemcy spalili Instytut Oftalmiczny, na skutek czego personel i pacjenci byli zmuszeni przenieść się do Zakładu św. Kazimierza przy ul. Tamka 35, a stamtąd do gmachu byłego poselstwa Japonii przy ul. Pierackiego 10 (obecnie ul. Foksal). Z kolei Szpital PCK od 3 sierpnia był ostrzeliwany przez niemieckie placówki przy Moście Poniatowskiego oraz pociąg pancerny kursujący po torach kolei średnicowej. 6 sierpnia do szpitala wkroczyli niemieccy żołnierze, którzy przystąpili do rabunku i znęcania się nad rannymi. Pacjentów zdolnych do poruszania się o własnych siłach spędzono do szpitalnego holu i rozpoczęto przygotowania do egzekucji.