Mężczyźni mający kontakty seksualne z mężczyznami są w grupie wysokiego ryzyka zakażenia chorobami przenoszonymi drogą płciową: m.in. wirusem HIVRaport UNAIDS 2006 dotyczący globalnej epidemii AIDS Rozdział 05, wirusowym zapaleniem wątroby typu B, a także wirusowym zapaleniu wątroby typu C (szczególnie u zakażonych HIV). W niektórych sytuacjach kryminalizacja uprawiania zachowań seksualnych przez osoby dorosłe tej samej płci, stygmatyzacja, dyskryminacja i przemoc wobec mężczyzn uprawiających seks z mężczyznami stworzyła środowisko, które zagraża prawom człowieka i w którym jest mniej prawdopodobne, że będą oni mieli dostęp do niezbędnych świadczeń medycznych dotyczących HIV. W związku z tym kwestia ta budzi coraz większe zainteresowanie Światowej Organizacji Zdrowia, co przekłada się na rosnącą liczbę publikacji na ten temat

Zgodnie z wynikami analizy z 2007 r., w dwóch dużych badaniach populacji stwierdzono, że „większość homoseksualnych mężczyzn miała corocznie podobną liczbę partnerów, którzy uprawiali seks bez zabezpieczenia, co heteroseksualni mężczyźni i kobiety”. Zapadalność na raka odbytu wzrasta w krajach rozwiniętych, a w szczególności w grupie MSM zakażonej HIV.