Po upadku komunizmu i odzyskaniu przez Litwę niepodległości w 1990 roku kościół został zwrócony katolikom, którzy przystąpili niezwłocznie do renowacji zniszczonego budynku. W kościele są sprawowane msze na przemian w języku polskim i litewskim. W zabudowaniach klasztornych, nie przedstawiających większej wartości zabytkowej, mieścił się, podobnie jak przed wiekami, szpital. W roku 2014 przeprowadzono wyburzenie niezabytkowej części budynków byłego szpitalaWiadomość portalu Pogon.lt.
Architektura thumb|left|Fasada kościoła thumb|Kościół od strony placu Łukiskiego Kościół św. Jakuba i Filipa jest budowlą jednonawową. Zewnętrznie składa się z trzech wyodrębnionych elementów, kolejno zmniejszających się: nawy, prezbiterium i zaokrąglonej absydy, co przy niewielkiej długości świątyni, wysoko osadzonych, górnych oknach i stromym dachu, daje malowniczy efekt spiętrzenia zabudowy, zwłaszcza od strony placu Łukiskiego (lit. Lukiškių). Granice między częściami składowymi bryły świątyni zaznaczone są szczytami, zwieńczonymi niewielkimi wieżyczkami z krzyżem. Fasada frontowa ma dwie szeroko rozstawione, czterokondygnacyjne, rokokowe wieże, zakończone spłaszczonymi hełmami z lukarnami;