Ilja Ekziemplarski urodził się 20 lipca 1836, w dniu, gdy obchodzono wspomnienie liturgiczne proroka Eliasza, co zdecydowało o wyborze imienia dla niego. Ochrzczony został jeszcze tego samego dnia przez swojego wuja Warsonofija Stiepanowa; rodzicami chrzestnymi byli starsza siostra, 12-letnia Marija Ekziemplarska, oraz kuzyn, Iwan Waledinski, uczeń seminarium duchownego. Chłopiec wychowywany był w głęboko religijnej atmosferze, od najmłodszych lat ojciec przygotowywał go do przyszłej służby kapłańskiej. W wieku dziewięciu lat – a zatem rok później, niż przewidywały zasady (wcześniej rodzice obawiali się, że chłopiec jest zbyt słabego zdrowia) – został oddany do niższej szkoły duchownej we Włodzimierzu.
Młodość i działalność naukowa Po zakończeniu nauki w szkole duchownej w 1852 Ilja Ekziemplarski wstąpił do seminarium duchownego w tym samym mieście, które ukończył w 1857. W czasie nauki był solistą-tenorem w chórze eparchii włodzimierskiej i suzdalskiej. Następnie podjął studia teologiczne na Kijowskiej Akademii Duchownej, którą ukończył w 1861 jako jeden z najlepszych absolwentów. W październiku tego samego roku został zatrudniony w seminarium duchownym w Czernihowie jako wykładowca historii biblijnej, liturgiki i prawa kanonicznego.