Syn Stanisława, Marian Czapski, wybudował w Kiejdanach około 1850 roku rozległą rezydencję szlachecką z parkiem, która za udział w powstaniu styczniowym została mu przez Rosjan skonfiskowana, a on sam został zesłany na Syberię. Majątek Czapskich został przez Rosjan oddany rosyjskiemu generałowi Edwardowi Tottlebenowi.
W 1929 w kościele św. Józefa kazania w języku polskim zastąpiono kazaniami w języku litewskim. Podczas II wojny światowej został całkowicie zniszczony pałac Czapskich z połowy XIX w. W mieście znajduje się muzeum regionalne.
Podczas okupacji hitlerowskiej, 23 lipca 1941 roku Niemcy utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 3000 osób. 28 sierpnia 1941 roku Niemcy zlikwidowali getto, a Żydów zamordowano na terenie parku. Sprawcami zbrodni byli żołnierze z Einsatzkommando 3, oraz litewscy policjanci, kolejarze i osoby cywilne.