pod władaniem Radziwiłłów, w latach 1811–1863 własność rodu Hutten-Czapskich. W okresie reformacji do XX w. ośrodek kalwinizmu. Kiejdany należały też do najważniejszych XVI w., założonych przez Jana Kiszkę ośrodków braci polskich. Kiejdany na mocy uchwały sejmu 1647 roku uzyskały prawo głównego składuStan Lewicki, Historja handlu w Polsce na tle przywilejów handlowych: (prawo składu), Warszawa 1920, s. 146..
20 października 1655 podpisano układ, który zawarli Radziwiłłowie (hetman litewski Janusz Radziwiłł i jego kuzyn koniuszy litewski Bogusław) z królem szwedzkim Karolem X Gustawem. Ów układ oddawał pod protekcję Szwecji całą Litwę i wraz z układem w Ujściu (wojewoda poznański Krzysztof Opaliński i wojewoda kaliski Andrzej Karol Grudziński) przewidywał oddanie Szwecji Rzeczypospolitej. Plany te udaremniła skuteczna obrona Częstochowy przed Szwedami oraz powszechny zryw szlachty polskiej i chłopstwa przeciw skandynawskiemu najeźdźcy. U schyłku Rzeczypospolitej w Kiejdanach stacjonowała 1 Brygada Kawalerii Narodowej Wielkiego Księstwa Litewskiego. Od przełomu XVIII/XIX w. Kiejdany były własnością pułkownika napoleońskiego Stanisława Hutten-Czapskiego. 29 kwietnia 1831 w czasie powstania listopadowego miała miejsce bitwa pod Kiejdanami.