W 1998 Habibie został prezydentem Indonezji, a kilka lat później referendum przeprowadzono i Timor Wschodni uzyskał niepodległość.
Małżeństwo i potomstwo 13 maja 1995 Duarte Pio ożenił się z Isabel de Herédia (Isabel Inês de Castro Curvelo de Herédia), portugalską bizneswoman (ur. 22 listopada 1966 w Lizbonie), córką architekta Jorge de Herédii (prawnuka 1. wicehrabiego Ribeira Brava) i Raquel Leonor Pinheiro Curvelo.
Był to pierwszy ślub w portugalskiej rodzinie królewskiej, od 1886 i ślubu króla Karola I Dyplomaty z Amelią Orleańską, który miał miejsce na terenie Portugalii. Ceremonia odbyła się w klasztorze Hieronimitów w Lizbonie, ślubu udzielił parze kardynał António Ribeiro, patriarcha Lizbony. Wśród gości znaleźli się czołowi politycy portugalscy m.in. prezydent Mário Soares i premier Aníbal Cavaco Silva oraz reprezentanci innych dynastii królewskich Europy.
Potomstwo Duarte Pio i Isabel: infant Afonso de Santa Maria Miguel Gabriel Rafael de Bragança (ur. 25 marca 1996), książę Beira, książę Barcelos infantka Maria Francisca Isabel Micaela Gabriela Rafaela Paula de Herédia de Bragança (ur. 3 marca 1997) infant Dinis de Santa Maria Miguel Gabriel Rafael Francisco João de Herédia de Bragança (ur.