Pozwoliło to na częściowe uruchomienie instrumentu.
W 1955 roku Wacław Biernacki z Krakowa przeprowadził dalszy remont organów.
Ostatniej, jak dotąd, przebudowy, połączonej ze znaczną ingerencją w substancję brzmieniową organów dokonał w latach 1966–1968 warsztat organmistrzowski Zygmunta Kamińskiego z Warszawy, mając na celu dostosowanie organów do wymogów koncertowych. Wprowadzono nowy projekt dyspozycji, uzupełniono brakujące piszczałki i dobudowano nowy, samodzielny pozytyw, umieszczony w trzeciej zachodniej arkadzie.
Dziś wielkie organy oliwskie posiadają 96 głosów, 5 manuałów i pedał oraz trakturę elektro-pneumatyczną. Dysponują ponadto elektronicznym systemem zapisu 64 kombinacji (tzw. setzer), a także posiadają połączenie z organami chórowymi. Są jednymi z największych organów w Polsce. Piszczałki prospektowe w całości pochodzą od Wulffa i są zarazem najstarszą zachowaną częścią instrumentu. Mimo to, w kreowaniu dźwięku owe piszczałki nie biorą udziału, gdyż od czasu renowacji 1934-1935 funkcjonują jedynie jako atrapy zdobiące fasadę organów. Jednocześnie prawie cała wewnętrzna substancja brzmieniowa jest znacznie nowsza i pochodzi z okresów największych przebudów instrumentu, czyli z lat 1934–1935 i 1966–1968.
Pierwszym organistą organów oliwskich jest prof.