W latach 1863–1865 organy wielkie w duchu romantycznym przebudował Friedrich Kaltschmidt, organmistrz ze Szczecina. Zbudował nową trakturę mechaniczną, z organów Wulffa pozostawił 52 głosy (część z nich przerobił) oraz wszystkie piszczałki prospektowe, a 32 głosy wykonał na nowo. Zgodnie z panującymi wówczas tendencjami, trzeci manuał (Kronwerk) umieścił w szafie ekspresyjnej. Instrument po przebudowie posiadał 84 głosy rozdysponowane między 3 manuały i pedał.
Wiek XX i XXI W czasie I wojny światowej część małych piszczałek została zarekwirowana przez pruską armię i przetopionaOrgany Oliwskie. W okresie międzywojennym dokonano w instrumencie największych zmian. W latach 1934–1935 gdański organmistrz Joseph Goebel rozbudował organy do 4 manuałów i wykonał nową trakturę elektro-pneumatyczną wraz z wiatrownicami. Z poprzednich organów wykorzystał 51 głosów (część z nich przerabiając i uzupełniając o nowe piszczałki). Ponadto połączył organy wielkie z chórowymi. Organy główne po przebudowie liczyły 82 głosy (+ 5 głosów transmitowanych).
W czasie II wojny światowej organy doznały licznych zniszczeń i ubytków. W pierwszych latach powojennych organy naprawiał Fryderyk Szwarc z Kartuz, uczeń i pracownik byłego zakładu Josepha Goebla.