W tym samym kompleksie był przetrzymywany jej mąż, mimo to przez 3 lata nie miała z nim kontaktu. Podczas osadzenia wpisywała końcem wypalonej zapałki swoje imię, nazwisko i datę aresztowania w książkach dostarczanych jej z biblioteki, za co została „zdyscyplinowana” przez płk. Światłę. 30 lipca 1954 wyszła na wolność i zamieszkała u syna przy ul. Poznańskiej 14. W grudniu tego roku więzienie opuścił też Władysław. W 1955 zamieszkali na Saskiej Kępie przy ul. Saskiej 109.
Po październiku 1956 i powrocie męża do władzy nie angażowała się już w życie polityczne i partyjne, nie pełniła też funkcji reprezentacyjnych.
Zmarła w Warszawie. Została pochowana z honorami 3 grudnia 1986 na cmentarzu komunalnym (wojskowym) na Powązkach (kwatera A29-półkole II-5). Na pogrzebie pożegnalną mowę nad jej grobem wygłosił Ignacy Loga-Sowiński. Kierownictwo PZPR reprezentowali: członkini Biura Politycznego KC PZPR Zofia Stępień, sekretarz KC Henryk Bednarski oraz przewodniczący Zespołu KC ds. zasłużonych działaczy ruchu robotniczego gen. bryg. Władysław HonkiszPogrzeb Zofii Gomułkowej, "Rzeczpospolita", nr 283, 4 grudnia 1986, s. 5..