Powrócił do Poznania, gdzie zajął się pracą w kurii, sądzie duchownym oraz seminarium.
Biskup gdański thumb|240px|Tablica upamiętniająca biskupa Edmunda Nowickiego na ścianie bazyliki archikatedralnej w Gdańsku-Oliwie 26 kwietnia 1951 został mianowany biskupem koadiutorem sedi datus diecezji gdańskiej ze stolicą tytularną Hadriane. Święcenia biskupie otrzymał 21 września 1954 w pałacu arcybiskupim w Poznaniu. Udzielił mu ich Walenty Dymek, arcybiskup metropolita poznański, w asyście Franciszka Jedwabskiego, biskupa pomocniczego poznańskiego, i Lucjana Bernackiego, biskupa pomocniczego gnieźnieńskiego. Jako dewizę biskupią przyjął słowa „Finis legis Christus” (Ostatecznym prawem Chrystus).
Polski październik 1956 pozwolił na jego przyjazd do Gdańska. 8 grudnia 1956 przejął diecezję gdańską jako biskup koadiutor przebywającego na emigracji biskupa diecezjalnego gdańskiego Carla Marii Spletta. Od 1 grudnia 1956 był biskupem tytularnym Thuggi. Ingres do Katedry Trójcy Świętej w Gdańsku-Oliwie odbył 25 grudnia 1956. Po śmierci biskupa Spletta bullą z 7 marca 1964 został mianowany biskupem diecezjalnym diecezji gdańskiej.