Warunku nie dopełnił.
Administrator apostolski kamieński, lubuski i prałatury pilskiej Po zakończeniu wojny w 1945 wrócił do pracy w kurii poznańskiej, gdzie oficjalnie zajmował stanowisko kanclerza. Powojenny problem administracji kościelnej na Ziemiach Odzyskanych skłonił kardynała Augusta Hlonda do udzielenia polskim kapłanom jurysdykcji nad Ziemiami Zachodnimi i Północnymi. 15 sierpnia 1945 Edmund Nowicki został mianowany administratorem kamieńskim, lubuskim i prałatury pilskiej oraz podniesiony do godności infułata. Od podstaw zorganizował kurię (1946) i sąd duchowny (1950) w Gorzowie Wielkopolskim, a także diecezjalny Caritas. Erygował wiele parafii, nadzorował odbudowę zniszczonych kościołów. W 1946 powołał Niższe Seminarium Duchowne w Gorzowie Wielkopolskim oraz Konwikt Biskupi we Wschowie, podniesiony w 1946 do rangi niższego seminarium duchownego. Z jego inicjatywy w 1947 powstało Niższe Seminarium Duchowne w Słupsku oraz Wyższe Seminarium Duchowne w Gorzowie Wielkopolskim. 26 stycznia 1951 w związku z „likwidacją stanu tymczasowości w administracji kościelnej na Ziemiach Zachodnich”, jak motywowała swoją decyzję strona państwowa, musiał opuścić administrację gorzowską.