Wirusy: enterowirusy wirusy ECHO HSV-2 arbowirusy (dają meningoencephalitis) Coxsackie VZV Wirus Epsteina-Barr (rzadko) wirus polio wirusy grypy A i B wirus odry Bakterie: Grupa wiekowa Przyczyny Noworodki Streptococcus agalactiae, Escherichia coli, Listeria monocytogenes Niemowlęta Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae DzieciN. meningitidis, S. pneumoniae Dorośli S. pneumoniae, N. meningitidis, Mycobacterium, Cryptococcus neoformans najczęściej: Neisseria meningitidis (dwoinka zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych), Streptococcus pneumoniae (pneumokoki), Haemophilus influenzae typ B; rzadziej: Listeria monocytogenes, choroba z Lyme (Borrelia burgdorferi), Staphylococcus, Escherichia coli; w krajach rozwijających się częstą przyczyną są prątki gruźlicy (Mycobacterium tuberculosis); Streptococcus agalactiae sive pyogenes jest ważną przyczyną zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych u noworodków, cechuje się wysoką śmiertelnością. Grzyby, np. Cryptococcus neoformans, Coccidioides immitis. Niekiedy ZOMR spowodowane przez grzyby jest wynikiem wstrzyknięcia skażonych kortykosteroidów.