Politykę Amina zdominował konflikt z sąsiednią Tanzanią. Zapoczątkował on się w chwili, gdy prezydent Tanzanii Julius Nyerere zaoferował azyl polityczny obalonemu prezydentowi Obote. Do byłego prezydenta dołączyło 20 tys. osób prześladowanych przez dyktatora z powodów politycznych. Rok później grupa uchodźców przy wsparciu Tanzanii próbowała bezskutecznie obalić Amina. Junta oskarżyła Nyerere o przygotowanie zamachu, a dodatkowo zaczęła wspierać wrogów politycznych urzędującego prezydenta Tanzanii, co spowodowało długotrwały spór między oboma państwami. Pod koniec lat 70. doszło do szeregu zbrojnych wystąpień antyrządowych w Ugandzie. Na początku października 1978 rebelianci antyrządowi zaatakowali Amina w willi prezydenckiej w Kampali; dyktator uciekł wraz z rodziną helikopterem. Do ataku doszło w okresie, gdy liczba bliskich współpracowników Amina znacznie się zmniejszyła, przy rosnącej liczbie dysydentów w Ugandzie. Gdy Mustafa Adrisi, wiceprezydent Ugandy został ranny w podejrzanym wypadku samochodowym, żołnierze lojalni wobec Adrisiego zbuntowali się. Odpowiedzią Amina było wysłanie żołnierzy przeciwko buntownikom, którym w części udało się przekroczyć granice Tanzanii. Rebelia przeniknęła do Tanzanii, skąd bojówki złożone z uchodźców zaczęły atakować żołnierzy dyktatora.