Wkrótce zrezygnował ze sprawowania pełnionej funkcji sekretarza generalnego PO.
W kwietniu 2006 „Dziennik” poinformował o zakupie w 2005 przez Pawła Piskorskiego wraz żoną ponad 320 hektarów ziemi pod zalesienie. Łączny koszt zakupu wyniósł 1,25 mln złotych. Zdaniem dziennikarza kwota ta przewyższała wartość środków zadeklarowanych przez europosła w oświadczeniu majątkowym za ten rok. Paweł Piskorski tłumaczył, że majątek pozyskał ze sprzedaży mieszkań, kredytu, oszczędności, wygranych w kasynach, handlu dziełami sztuki, dochodów bieżących jego i żony. Dzień po tej publikacji zarząd krajowy PO postanowił o jego wykluczeniu z partii, wkrótce usunięto także dziesięciu jego współpracowników (m.in. Piotra Foglera). Oficjalnym powodem było szkodzenie wizerunkowi PO, przy czym wobec wykluczonych nie było prowadzonego postępowania w sprawie sugerowanych przez media przestępstwDonald Tusk stwierdził wówczas w tej sprawie: Paweł Piskorski w świetle prawa jest człowiekiem bez zarzutu. Natomiast działalność publiczna wymaga czegoś więcej niż tylko formalnej zgodności z prawem własnych działań publicznych i biznesowych. (zob. )..