11 września jednostka rozpoczęła ewakuację na lotnisko w okolicach Brześcia. W czasie przelotu RWD-8 został zaatakowany przez samolot niemiecki. Lecący w RWD-8 lotnicy ppor. Stanisław Hudowicz oraz ppor. pil. Oskar Sobol ponieśli śmierć. W tym dniu kpt. Kucharski z sierż. Kawińskim rozpoznawali kierunki Mińsk Mazowiecki–Wyszków, Kałuszyn–Węgrów–Brok, Siedlce–Nur. 12 września nastąpił przelot na lądowisko Górka Połonka. W tym czasie rzut kołowy eskadry maszerował przez Brześć i Kowel do Łucka. 13 września otrzymano rozkaz reorganizacji eskadry nakazujący pozostawienie w swoim składzie załogi i obsługę do 3 samolotów. Nadwyżkę personelu należało skierować do Kut do dyspozycji dowódcy lotnictwa gen. Władysława Kalkusa, a nadwyżkę materiałową do Łucka, do dyspozycji komendanta Szkoły Podoficerów Lotnictwa dla Małoletnich. Dowódca I/53 plutonu kpt. Stanisław Sawczyński miał objąć dowództwo 41 eskadry rozpoznawczej. 14 września nadwyżki personelu latającego, technicznego i sprzętu pod dowództwem kpt. Kucharskiego przegrupowały się do Kulczy do dyspozycji ppłk. Zaleskiego. Pozostała część personelu eskadry pod dowództwem kpt. Kierzkowskiego w składzie 5 oficerów, 12 podoficerów i 28 szeregowców z 2 samolotami „Czapla” pozostała w rejonie Łucka, oczekując na dalsze rozkazy. 15 września oba rzuty przeszły do wsi Płoska.