1 października 2009 wybuchły walki w Kismaju między Al-Shabaab a Hizbul Islam. Relacje między frakcjami kontrolującymi południe kraju zaczęły się psuć we wrześniu 2009. Dwa ugrupowania kontrolujące Kismayo ustaliły, iż będą rotacyjne sprawować władzę nad miastem po sześć miesięcy. Al-Shabaab kontrolujący większość miast południa Somalii odmówił po upływie czasu oddania władzy Hizbul Islam. W wyniku walk poległo 12 rebeliantów, a 70 zostało rannych. Co najmniej 17 osób zginęło w trakcie serii bitew w nocy 5 października. Rzecznik somalijskiej frakcji rebeliantów Hizbul Islam powiedział, że zaprosili zagranicznych bojowników do walki z Al-Shabaab. 7 października doszło do starć w pobliżu wioski w pobliżu Janay Abdalla. Pierwszy atak o 4 rano zmusił rebeliantów Al-Shabaab do odwrotu.
Od czasu wybuchu walk między rebeliantami, znacznie zmalała liczba ataków na wojska Unii Afrykańskiej (AMISOM), a bitwa w Mogadiszu tocząca się od maja, praktycznie zakończyła się.
Od stycznia 2010 walki toczyły się południu kraju - między Hizbul Islam i Szebabami (bitwa o Dobley). 19 marca 2010 w wymianie ognia między rebeliantami w mieście Dobley zginął jeden z liderów Al-Shabaab, Ali Hasan.