Z konieczności, na początku 1686 r. cała rodzina przeszła na katolicyzm. 8 kwietnia 1686 r. Ludwik XIV, przez wzgląd na talenty Nicolasa, wydał mu nowe patenty pozwalające na ponowne otwarcie apteki i praktykę. Pod koniec roku przy ulicy Saint-Jacques niedaleko fontanny Saint-Séverin Lémery otworzył nową aptekę i laboratorium chemiczne. Szybko wrócili do niego uczniowie i pacjenci.
Po odnowieniu przez Ludwika XIV Królewskiej Akademii Nauk, 20 stycznia 1699 r. Nicolas Lémery został członkiem zespołu chemicznego Jardin du Roi. Od 28 stycznia mógł zamieszkiwać na terenie ogrodu (przechodzi na utrzymanie króla). 23 listopada 1699 r. umarł Claude Bourdelin, główny chemik ogrodu. Zastąpił go Lémery, jednak nominację na dyrektora otrzymał dopiero w 1712 r. Już 6 marca 1715 r. z powodu poważnej choroby musiał złożyć dymisję, po czym otrzymał tytuł pensjonariusza weterana. Wkrótce umarł w swoim domu-aptece.