Przed zalaniem zbiornika nie zakończono prac związanych z wyczyszczeniem czaszy zbiornika: nie rozebrano starych wałów przeciwpowodziowych Wisły, na powierzchni kilkudziesięciu hektarów wzdłuż południowego brzegu nie wykarczowano pni wyciętych drzew, nie rozebrano żelbetowych bunkrów (pozostałości po II wojnie światowej), nie zlikwidowano żelbetowych przyczółków mostu w starorzeczu Wisły. Hydrologia
Powierzchnia zlewni zbiornika w przekroju zapory wynosi 522 km2.
Poza Wisłą, jedynym większym dopływem uchodzącym w sposób naturalny do Jeziora Goczałkowickiego jest potok Bajerka.
Normalny poziom piętrzenia (NPP) zbiornika wynosi 255,75 m n.p.m. (od 1 czerwca do 31 sierpnia: 255,50 m n.p.m.). Czasza zbiornika jest stosunkowo płytka. Średnia głębokość przy NPP = 255.50 m n.p.m. wynosi ok. 5,30 m. Wieloletnie zmiany poziomów zwierciadła wody w zbiorniku (z różnych przyczyn) są duże i sięgają od 0,9 do 3 m poniżej NPP. Odbija się to w znaczny sposób na ekosystemach zarówno samego zbiornika jak i pasa wybrzeży.