W roku wyboru na prezydenta zadeklarował, że w ciągu dwóch lat zakończy konflikt o Naddniestrze. W imię budowania prozachodniego wizerunku prezydenta i uzyskiwania ze Stanów Zjednoczonych doraźnej pomocy finansowej w 2003 Mołdawia wysłała 40-osobowy kontyngent na wojnę w Iraku.
W 2003 zainicjował reformę sił zbrojnych, jednak zapisane w stosownych ustawach zapowiedzi gruntownej modernizacji armii nigdy nie zostały zrealizowane. W marcu 2005 komuniści wywalczyli 56 mandatów, poniżej 61 głosów w 101-osobowym parlamencie potrzebnych do wyboru prezydenta. Do obserwacji wyborów prezydent zaprosił przedstawicieli OBWE, Unii Europejskiej oraz Rady Europy, natomiast demonstracyjnie pominął Wspólnotę Niepodległych Państw. Reelekcję Vladimira Voronina na urząd głowy państwa umożliwił rozłam w opozycyjnym bloku BEMD i poparcie partii chadeckiej. 4 kwietnia 2005 za jego wyborem na drugą kadencję zagłosowało 75 deputowanych. Jako prezydent Mołdawii głosił eklektyczną doktrynę „prawosławnego euroleninizmu”, równocześnie twierdząc, że jego partia nawiązuje do koncepcji Włodzimierza Lenina, dąży do integracji europejskiej Mołdawii i szanuje Cerkiew.