W styczniu 1945 roku otrzymał awans do stopnia pułkownika NSZ oraz funkcję komendanta Obszaru Południe NSZ. thumb|Grób ppłk Piotra Abakanowicza na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie, 23 lipca 2008 W październiku 1945 roku został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa, a następnie w procesie przed Wojskowym Sądem Rejonowym w więzieniu na Mokotowie został skazany na karę śmierci. Kara śmierci została zamieniona na karę dożywotniego więzienia, a w 1947 roku zmniejszono mu karę do 15 lat więzienia. Zmarł 1 czerwca 1948 roku w więzieniu we Wronkach po pobiciu przez funkcjonariuszy aparatu bezpieczeństwa. Relacje świadków są sprzeczne, jako przyczynę śmierci podawano również samobójstwo.
W czerwcu 1991 roku prochy ppłk. Abakanowicza zostały ekshumowane z kwater więziennych cmentarza we Wronkach.