W 1930 roku z powodów zdrowotnych (przeżył dwie katastrofy lotnicze) został przeniesiony do rezerwy. Być może na ten stan zaważyły inne względy – Abakanowicz krytycznie odnosił się do niektórych decyzji władz lotnictwa wojskowego (m.in. stanu technicznego sprzętu lotniczego). Wiadomo też, że ówczesne władze wojskowe pomijały go w awansach. W 1934 roku pozostawał w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Poznań Miasto. Posiadał przydział mobilizacyjny do Oficerskiej Kadry Okręgowej Nr VII i był przewidziany do dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr VII.

Nie wziął udziału w wojnie obronnej 1939 roku – gdy dotarł na wyznaczone lotnisko, okazało się, że jest ono już zniszczone przez samoloty niemieckie.

Podczas okupacji niemieckiej w czasie II wojny światowej związany był z Narodowymi Siłami Zbrojnymi, używał pseudonimów Barski, Grey i Grządziel. Po rozłamie w organizacji na tle scalenia z Armią Krajową pozostał w szeregach NSZ-ZJ. Od czerwca do sierpnia 1944 roku pełnił funkcję komendanta Okręgu VI NSZ obejmującego powiat warszawski. Od października 1944 roku był szefem sztabu NSZ.