Opuściła więc Hagę na pokładzie brytyjskiego niszczyciela, który miał ją zawieźć na południe, jednak gdy była na morzu, Zelandia znalazła się pod silnymi nalotami Luftwaffe i uznano, że jej powrót będzie zbyt niebezpieczny. Wilhelminie nie pozostało nic innego niż skorzystać z oferty Jerzego VI i przyjąć azyl w Wielkiej Brytanii. Udała się więc do Wielkiej Brytanii, gotowa wrócić do kraju tak szybko, jak się tylko da.
Holenderskie siły zbrojne skapitulowały 15 maja. Królowa Wilhelmina stanęła na czele holenderskiego rządu na uchodźstwie, ustalając zakresy obowiązków i natychmiast powiadamiając o tym naród. Stosunki między rządem a królową były napięte, a wzajemna niechęć narastała w miarę trwania wojny. Tymczasem Wilhelmina była bardzo popularna i szanowana przez światowych przywódców. Rząd nie miał parlamentu, który mógłby go wspierać, a urzędników niewielu. Premier Dirk Jan de Geer uważał, że alianci przegrają wojnę i zamierzał wynegocjować z Niemcami separatystyczny układ pokojowy. W tej sytuacji Wilhelmina nie widziała innego wyjścia, jak zdymisjonować premiera.